Testy mikrobiomu z domova: má to smysl?

Komerční testy mikrobiomu ze vzorku stolice mají zásadní metodologický problém – mikrobiom je dynamický systém. Jeho složení se mění podle spánku, stravy, stresu a aktivity, a to i v řádu dní. Vědecké studie s výpovědní hodnotou proto sbírají data longitudinálně, v horizontu měsíců (2, 3 i 6 měsíců), zatímco komerční firmy nabízejí jen jednorázový odběr, ze kterého se nedá nic spolehlivého vyvodit.

Kvalita analýzy se mezi firmami zásadně liší podle použité metody sekvenování. Zlatým standardem je metagenomické sekvenování, které dokáže bakterie určit až na úroveň kmenů, tedy pod druhovou úroveň. Levnější metoda profilování genu 16S ribozomální RNA rozliší bakterie spolehlivě jen na úroveň rodu, případně jen bakteriálních kmenů (fylů), což je z hlediska interpretace téměř nevypovídající informace.

Další problém je velikost a kvalita srovnávací skupiny, proti které se výsledek testu hodnotí. Pokud firma srovnává vzorek klienta proti pár desítkám lidí, jde o statisticky nedostatečná data. Podle odborné komunity by bylo potřeba srovnávat proti tisícům vzorků, navíc geograficky vyvážených, protože mikrobiom lidí z Evropy, Ameriky a Austrálie se liší. Tyto výhrady shrnul článek s vědci z celého světa publikovaný v odborném časopise Lancet Gastroenterology.

Na základě jednoho testu se nedají smysluplně vytvořit probiotika na míru ani individualizovaný jídelníček. Firmy přitom tyto služby běžně nabízejí a prodávají jako hlavní přínos vyšetření za 10 až 15 tisíc korun. Klientovi to nemusí ublížit, ale peníze jsou často vyhozené – doporučení jíst více rostlinné stravy platí bez ohledu na výsledek testu a dá se získat zdarma od nutričního poradce nebo z kvalitního článku.

Naopak se ukazuje, že přítomnost střevního prvoka blastocystis souvisí se zdravějším mikrobiomem. Blastocystis funguje jako ekosystémový inženýr, podporuje anaerobní prostředí ve střevě a jeho přítomnost je považována za jeden z mála spolehlivých signálů dobrého stavu mikrobiomu. Na rozdíl od komplexního sekvenování se jeho přítomnost dá zjistit jednoduchou metodou PCR ze stolice.

Syndrom dráždivého tračníku postihuje zhruba každého desátého člověka a souvisí i se složením mikrobiomu. Jde o funkční onemocnění trávicího traktu, které se diagnostikuje vylučovací metodou, protože nemá jasný organický podklad. Spouštěčem může být dlouhodobý stres nebo prodělaná střevní infekce, která způsobí dysbiózu, tedy výraznou změnu složení mikrobiomu oproti běžnému stavu.